"يتبع الباحث المنهج العلمى السائد في العلوم الحديثة من غير أن يعتمد المناهج العقلية التجريدية، مستهدفاً أهم نصوص الإلحاد في عالمنا المعاصر، من دون أن يغفل عن مناقشة الملاحدة مناقشة معمقة، كان الهدف منها إثبات وجود الله حصراً، دون إثبات الأديان المرسومة فيه، مما يعني أن النتيجة المترقبة منه تخطئة الاتجاهين: الإلحادي واللاأدري، وتصحيح الرؤية الربوبية والدينية في خصوص المسألة محل البحث.
ويعتمد الباحث على المنهج الاستقرائي القائم على أساس حساب الاحتمالات والمنهج البوبري المعروف بالمنهج التكذيبي، ويمضي الكتاب في البحث عن الفرضية العلمية وشرائطها ومجالات ثبوتها وتحققها، على اعتبار أن "فرضية الإله الصانع فرضية علمية"، كما يبحث عن طبيعة القرائن أو القضايا المؤيدة أو المكذّبة لكل فريق في سواء كان يؤمن بوجود الله أم لم يؤمن."